珊瑚礁總體檢的調查方法基本上是以「穿越線」（transect）法為基礎。調查人員在海底分別沿著3m和10m等深線，以捲尺拉出一條100m長的穿越線。然後再調查以穿越線為中心、半徑5m的範圍內的特定魚類及無脊椎動物。這些特定的生物是經過海洋生物學家篩選出來，從牠們的數量可以判斷人類活動對珊瑚礁造成的影響。例如石斑、石鱸、鸚哥魚、海膽、海參、硨磲貝等，因為可以食用而具有高度的經濟價值，而碟魚、櫻花蝦等生物則有觀賞價值，故常被人捕捉。

        調查人員還要沿著100m線，每隔0.5公尺記錄穿越線正下方的海底底質構成物質，究竟是石珊瑚、軟珊瑚、死亡的珊瑚、岩石或沙質海底等等，並且在記錄表上逐一填入空格。記錄結果經過分析計算以後，便可以算出珊瑚的覆蓋率，並看出這個區域的海底環境特性。除此以外，調查人員還要記錄調查範圍內的珊瑚有無被炸藥、船錨或潛水者破壞的痕跡、珊瑚有無疾病、白化的比例、海底有無廢棄的魚網或垃圾，甚至垃圾的大小等等細節，這些資料也可以作為評估人類活動對珊瑚礁影響的程度。最後，調查人員還要完成該地點的歷史性描述，說明這個區域在過去是否被人類利用或遭受特殊事件如颱風等。